MICROUSADAVIRTUAL CELL CHALLENGE 2026 / 研究作品
細胞織譜
把公開擾動效應，織入各自的細胞背景。
從公開 Perturb-seq 彙整資料學習基因擾動的平均效應，再以三個匿名背景各自的對照細胞，產生整數計數預測。
正式交件狀態
決賽投稿處理完成；官方尚未提供分數與排名。
本機已完成 360,000 個預測細胞、18,533 個基因的產製、完整串流格式驗證與封裝。本機格式檢查不代表官方評分完成或預測品質通過。
從公開資料到預測
彙整公開來源
整理 Replogle／Weissman 2022 的 K562 GWPS 與 RPE1 raw pseudobulk，以有效細胞數加權、合併重複基因符號，再作 CP10K 正規化。
選擇收縮效應
以固定目標雜湊分割校準與保留測試。從事先固定的24個候選選出收縮係數0.1的直接乘法轉移；不推測匿名背景的細胞類型。
各自對照，共同效應
D、E、F 共用相同學得效應，但各自使用對照均值與經驗離散程度，再以潛在率與 Poisson 計數抽樣生成預測。
覆蓋範圍
有精確直接來源支持的目標
277 / 300
277 / 300，均來自 K562 GWPS。其餘23個目標的學得非自身基因效應為零。
有來源支持的輸出基因
7,681 / 18,533
7,681 / 18,533。其餘10,852個基因的學得效應為零。
零效應保留各背景的對照均值，並不把基因計數設成零。以上為套用自身基因先驗之前的覆蓋。
被擾動基因另外使用0.1倍先驗，並非學得反應；自身基因不計入本機代理或官方六項評分。
本機代理驗證
1.8661% 相對 MSE 降低
203個保留目標 · log1p(CP10K) 表現量 MSE
在公開 K562／RPE1 的雙向跨背景測試，模型 MSE 為0.007418630，無效應基準為0.007559698。目標成對重抽樣95%區間為1.4045%–2.3372%。
這是本機代理結果，不是官方六項分數、最終匿名背景表現、得獎機率或生物學有效性保證。測試未用於重調參數，現已使用，不可再當作後續版本的獨立測試。
執行與研究界線
- 本頁只介紹方法，不提供線上模型、原始資料或預測檔下載。
- 生成器處理邊際均值與離散程度；Poisson 抽樣有變異下限，共用對照列可能引入相依性。完整生物協方差與單細胞分布尚未驗證。
- 程式與文件由 Codex 協助製作；未使用預訓練 State 模型，也沒有新增濕實驗。本作品供研究與競賽使用，不提供臨床建議。
來源與授權
Joseph Replogle 與 Jonathan Weissman（2022），Mapping information-rich genotype-phenotype landscapes with genome-scale Perturb-seq: processed Perturb-seq datasets。
公開來源採 CC BY 4.0。本作品衍生處理含篩選、基因符號彙整、計數重建、正規化、效應收縮與預測生成；原作者並未背書本模型。
競賽提供的資料與產物維持私人；公開來源授權並不自動授予競賽資料重新散布權。